Флора Юрактау включает 366 видов сосудистых растений, относящихся к 204 родам и 58 семействам, что составляет пятую часть от общего числа видов флоры Башкортостана. Также на Юрактау выявлено 65 видов мохообразных растений (61 вид мхов и 4 печеночника). Здесь произрастает 10 реликтовых видов: 2 – доледниковых (герань Роберта – Geranium robertianum и колокольчик крапиволистный – Campanula trachelium), сохранившихся на Южном Урале с третичного времени (5-2,5 млн. лет назад), 8 – плейстоценовых, которые проникли на Южный Урал в период от 2,5 млн. до 11 тыс. лет назад с гор Южной Сибири (василистник вонючий (Thalictrum foetidum), горноколосник колючий (Orostachys spinosa), лук красный (Allium rubens) и др.) и Европы (шиверекия северная – Schivereckia hyperborea).

Гора Юрактау богата и эндемиками – видами, которые имеют ограниченный ареал распространения. Здесь выявлено 15 эндемичных видов, среди них клаусия агидельская (Clausia agydeliensis), тимьян Талиева (Thymus talijevii), пижма уральская (Tanacetum uralense) и др.

На Юрактау произрастает 11 редких и нуждающихся в охране видов растений, занесенных в Красную книгу Республики Башкортостан (в том числе 2 мха), 7 из них также включены в Красную книгу Российской Федерации. Особенно большая концентрация «краснокнижных» видов наблюдается в каменистой степи на южном и юго-восточном склонах Юрактау.